南方医科大学深圳医院由深圳市政府和南方医科大学合作共建，2015年12月正式开业,是深圳市医疗卫生“三名工程”首个落地“名院”项目，前海自贸区内唯一一家能够同时承担医教研任务的大学直属附属医院。经过八年发展，成为深圳西部区域医疗中心，成功挂牌三甲医院，二期项目顺利开工，通过国际医院评审认证，获批住院医师规范化培训基地，整体发展势头强劲。
医院占地8.2万平方米，总建筑面积49万平方米，总床位数2500张，一期展开床位1101张，年接诊量超160万。现有职工2000余人，专业技术人员中，中高级职称占66.93%，拥有研究生导师56名，其中博士生导师21名，博士后合作导师13名，32位专家教授在国家、省二级以上专业学会担任副主委以上职务，170余人被认定为省市区各级人才，医院获深圳市“引才伯乐奖”。
医院拥有广东省临床重点专科1个（消化内科），深圳市医学重点学科5个（消化内科、神经内科、骨科、整形外科、护理学），深圳市中医重点专科1个（中医科）；省工程技术研究中心1个（骨科中心），3个重点实验室（深圳市病毒肿瘤学重点实验室、数字外科3D打印重点实验室、深圳市胃肠道微生态与疾病重点实验室），2个工程研究中心（深圳市肠菌移植工程研究中心、深圳市医用3D打印材料转化应用工程研究中心）；2022年获批深圳市消化系统疾病临床医学研究中心。
医院坚持高质量发展，大力培育高精尖特色技术，通过国家级卒中中心、胸痛中心、血栓防治中心、危险性上消化道出血快速救治中心认证。消化内镜微创诊疗技术、缺血性脑卒中介入诊疗技术、小儿耳鼻咽喉疾病诊疗技术、关节矫形技术、重症烧伤救治及严重创伤修复重建术等，在大湾区乃至全国有较大影响力和辐射力。
医院坚持医教研协同发展，6个专业基地（全科、内科、外科、放射科、口腔全科、重症医学科）获批住培专业基地，构建了本科、毕业后、研究生和留学生教育等全面及多元化的高层次人才培养体系。每年在院学生400余名，开设14门临床医学专业课程，已独立完成 3 届共150名临床医学本科生教学，培养研究生396名，实习生905名，进修生595名，承办各级继续医学教育项目300多项。
医院秉承“厚德精医、自强不息”的院训，坚守“生命至上、医术至精、服务至诚”的办院理念，致力于打造湾区有口碑、国内有地位、国际有影响的研究型医院。